自北宋神宗熙宁十年始，黄河改道，决口逐渐繁起来，黄河水流加速了湖泊区的形成。金章宗明昌五年黄河决口于河南阳武，入梁山泊分流南北，其中一支由南清河入淮，历经汶上、嘉祥、济宁，与泗水汇合后南下入淮。
黄河的洪水，历朝历代都对鲁西南这片土地造成了巨大的祸患，也酝酿了繁荣的生机。元明以来，定都燕京，为“漕运江淮以供京师之需，于是放弃了隋代建成的以洛阳为中心的运河航道，从元代开始，沟通南北运河，于至元二十六年和至元三十年相继开挖了会通河和通惠河。
此时，济宁至徐州之间利用泗水天然河道为运河。为了保持航运水深，在泗水河道上建闸，河东山水在东岸停蓄，开始形成了昭阳湖和独山湖。
明代，黄河不断泛滥，黄强泗弱，泗水出路受阻，使昭阳、独山不断扩大，在微山附近出现了赤山、微山、吕孟、张庄等相连的小湖。”
弘治八年，刘大夏筑黄陵岗修太行堤，北流的黄水就全部南来，自开封至徐州夺汴，再至淮阴夺泗，淮阴至河南兰考铜瓦厢决口北迁，夺大清河由山东利津入海，形成现在的黄河，前后经历六百六十多年。
黄河如此夺泗夺淮，一方面大量泥沙淤积，形成现在的黄河床，使泗水南流入淮之路受阻，洪水长期滞积；另一方面，由于黄水与东部河流的共同作用，徐州北部的湖区不断扩大了起来。
嘉靖年间，又开挖了南阳新河，使运道脱离泗水由昭阳湖西移到湖东，东部沙河等山水引入独山湖，薛河水引入吕孟湖，到隆庆、万历年间，这些湖泊就连成一片，形成微山湖的雏形。
万历三十一年，黄河于单县、曹县决口，“灌昭阳湖，入夏镇，横冲运道……”次年秋，黄河又在丰县决口——这是距离李来亨最近的一次黄河决口。这回洪水入昭阳湖，穿李家港口，南出镇口。经过几次黄水灌注，郗吕诸湖与西
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