为了让这些百姓能够安居乐业，不仅多赐份地和田宅，而且还在边墙一带设立了大量军屯田和屯垦农庄，以军屯护卫边境，防止蒙古、满洲的残余部落袭扰内地。
同时在天法五年、天法六年两年间，顺军又在东北地区继续执行了进一步的犁廷军事行动，大军向西北、东北两条边境线出击，过松花江，远至黑龙江，大量搜括活动于当地的蒙古、满洲和索伦人部落，获其部众总计五万余人，刀甲威吓后方徐徐南行。
这些被远征军虏回内地的东北各族部众，此后又被安插到北京、天津和张家口附近居住，形成了一支类似明朝达官的少数民族势力。这些部众中的不少人，后来都参加了大顺军队，在世祖朝的准噶尔战争中起到了很大作用。
天法六年，刘芳亮从黑龙江凯旋回师以后，朝廷即在辽东边墙以外，又设立了黑龙江和吉林两个都督府辖区，从此开启了顺朝的都督府制度。
黑龙江和吉林两个都督府辖区，此时都直接受辽宁节度使的节制，在下级重要的行政官员则都由朝廷直接任命，不对都督负责。
都督有实权，但很难说是大是小，边界也难以确定。
都督军政一把抓的大权，受到来自朝廷的无数限制。朝廷和辽宁方面总是不断进行指指点点，调整制度设计。来自朝廷的诏令层出不穷，其中许多并不符合都督府辖区的现实，但都督也只能想办法执行。
与此同时，朝廷又对都督防备重重，谨慎把握任期，只选择最受信任的人担任该职，而且往往从远离东北的南方人中挑选。
都督的职权多，范围广，但是由于职权边界不明确，几乎处处都受到其它衙门的牵制。曾担任吉林都督的文臣刘钟泰就曾抱怨过“关外都督一人担关内节度、观察、采访、营田诸使职责任”，军事事务、司法事务、税收工作、处理部落问题、整备军务都需要自己负责，然而这些工作往往和其
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