气下手了，以“奸商吞匿厘金，道员通同作弊”的理由，运用福建巡抚的权力，将刘璈撤任查办，同时飞章入奏。
手段虽狠，却还是试探，所以对刘璈只是“撤任”。朝廷复旨：“着即撤任，听候查办”，是充分支持的表示，那就更可以放心大胆地穷追猛砍了。刘铭传紧接着便又狠狠参了刘璈一本，指他“贪污狡诈，不受节制，劣迹多端。开单列款，请革职查办。”
结果，不仅“革职查办”，竟是“革职查抄”。军机处承旨，连发两道“廷寄”，一道给刘铭传：“刘璈革职拿问，交刘铭传派员妥为看守，听候钦派大臣，到闽查办。”刘璈在任所的资财，责成刘铭传派廉干委员，严密查抄。一道是给湖南巡抚，张佩纶的第二位老丈人卞宝第，去抄刘璈在原籍的家。
此外还有一道明发：“命刑部尚书锡珍，驰驿前往江苏，会同卫荣光查办事件。”向来钦差大员查办要案，多用假地名隐饰，明明是往四川，偏说到湖北，象这样的障眼法，原是瞒不住人的，明眼人一望而知是查办刘璈。
左宗棠当然要展开反击，上奏攻讦刘铭传弃基隆的详细情形，指他丧师辱国之罪，过于徐延旭、唐炯。不想碰了个大钉子，所奉到的复旨是：“刘铭传仓猝赴台，兵单粮绌，虽失基隆，尚能勉支危局，功过自不相掩。该大臣辄谓其‘罪远过徐延旭、唐炯’实属意存周内，拟于不伦。左宗棠着传旨申饬，原折掷还。”
卧疾的左宗棠，受此羞辱，病势剧变，不能不再一次奏请开缺。当然，一道温旨是少不了的，准他交卸钦差大臣的差使，不必拘定假期，尽管回湖南安心静养。又恭维他“夙著勋勤，于吏治戎机，久深阅历。如有所见，随时奏闻，用备采择。”同时叮嘱：病体稍痊，立刻回京当他的大学士。
这道惓惓于老臣的温谕，寄到福州，左宗棠神明已衰，无从感念圣恩了。延到七月二十七子时，一瞑不视，当时由福州将
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