一方面在意识形态上非常讨厌所谓压制理性、鼓励愚昧的天主教；一方面又非常垂涎于教会的资产，所以大革命一开始就把屠刀伸向了教士阶层，教会在法国也随之元气大伤。
拿破仑上台以后，开始重建法国秩序，他又捡起了天主教会作为工具，于是他开始解除对教会的禁止法令，然后刻意和教会搞好关系。
在他的努力下，教会很快就和拿破仑修复了关系。
1804年，拿破仑登基的时候，就是教皇庇护七世为拿破仑加冕的。
不过，虽然利用教会作为工具，但是拿破仑内心里对教会还是非常不屑的。在加冕仪式上，他从教皇手中抢过了皇冠，自己为自己戴上，明确地昭示天下，自己的皇位是自己打下来的，并非由教皇所授——两边的关系也随之现了原型。
在之后，拿破仑和教会的关系也急转直下。
教皇原本以为拿破仑帝国会和波旁王朝一样，成为天主教世界的支柱，然而拿破仑却把帝国当成了他个人野心的工具。
1809年拿破仑进攻维也纳，然后并吞罗马教皇国属下的各邦，庇护七世大发雷霆，宣布将拿破仑革除教门。拿破仑便于1809年7月6日逮捕了梵蒂冈中的教皇庇护七世并将其押解回萨沃纳囚禁。
庇护七世教皇经过了五年的囚禁生活后，才在拿破仑1814年退位后才被释放。
很明显，两边最后的关系变成了决裂状态。
他奶奶莱蒂齐亚-波拿巴的弟弟，也就是他的舅姥爷约瑟夫-费什（joseph fesch），是教会的红衣主教，当年也在教会当中煊赫一时，还主持了他的洗礼仪式；但是他这个红衣主教完全是因为拿破仑的关系所以才在法国得到的，而在拿破仑和教会的关系破裂之后，他在教会当中的地位也大大下降。
最终，在拿破仑退位之后，他回到了罗马，然后被投闲置散，
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