李维正的各个基地除了辽东外，几乎都是在海外，比如高丽、台湾、琉球、日本对马岛、耽罗岛等等。但在大明的国土内，还有一个地方也成为了李维正的基地，这就是蓬莱，蓬莱千户赖永国早在前年就秘密投靠了李维正，一方面固然是因为李维正是他的老上司，他们关系很密切，但更重要是蓬莱的战略位置对辽东极为重要，它是辽东进入大明腹地的入口，所以李维正在受封辽东之初，便和赖永国达成了一种默契，蓬莱千户名义上是大明的千户所，但实际上它已经成为了辽东的军卫，李维正在蓬莱港部署了六千军队，完全扼住了渤海的进出口。
知道这个秘密的只有原山东都指挥使叶升，但叶升不幸在冯傅案中被杀，而新都指挥使迟迟未能到任。这个秘密就被掩盖住了，这也是朱元璋炮制冯傅案带来的一个严重后果。各地都指挥使皆被杀尽，有资历的军方高级将领也被杀光，所以当建文帝朱允炆即位后，竟找不到可以出任都指挥使的军队高官，不得已，在优先保证陕西、山西、河北、河南等地的都指挥使由稍有经验的高级将领担任外，其余大部分行省的都指挥使都是暂由布政使这样的文官兼任。
同时，朱允炆为了握紧军权，他不再任命新的五军都督。这就使得五军都督府成了一个空衙，由兵部直接统领天下卫所，一切军权都归属兵部。
蓬莱所是独立千户所，他就和正常的军卫一样直属山东都指挥使，而然，这仅仅是一个名义，蓬莱千户所名义上属于朝廷，各种形式上的文书报表仍有上报下达，但实际上蓬莱所已经效忠了辽东，就算山东都指挥使来视察，他也无法出海去隐藏着真相的长山岛等岛屿上去探察。这并不是蓬莱所的特殊情况。事实上，在各藩国内的许多军卫都已仅仅只是名义上归辖于朝廷了。
这是朱元璋在动冯傅案前始料不及的，应该说他的想法在某种程度上是正确的，大明确实出现了蓝玉、李维正这样野心
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