清廷是时正缝太平天国覆灭，捻军也困于霍山，败势显露，满堂上下心气高涨，虽然北京三巨头的目光已经盯向势大难治的湘军，并没有太大的精力去分神新疆之事。但还是从山西、湖北、河北几省抽调了一百多万两银子，并命乌里雅苏台参赞大臣麟兴和车林墩布多参赞大臣广凤、帮办大臣奎昌，迅速派遣喀尔喀兵两万增援新疆。
九月底又调派土谢图汗、车臣汗蒙兵各五百，增援乌鲁木齐满城。
然而这时喀什的柯尔克孜伯克司迪尔(思的克)起兵占据了旧城，自立为“帕夏”。为了树立威信，他还派出手下金相印去浩罕城迎回大和卓曾孙，号称“圣裔”的布素鲁克，欲立为傀儡。
这是新疆出现的第四家地方割据的叛乱政权。
十月里，乌鲁木齐满城被破，妥明大开杀戒，都统平端、兵备道伊昌阿一下万人死难。
妥明接着与奇台的土著首领马福联手，占据奇台、昌吉、呼图壁、乌苏等城，并攻克了古城的满城，清兵守军自领队大臣惠庆以下兵丁连同妇孺七千余人尽死，妥明兵锋直逼吐鲁番。
到了这里，新疆的局势之恶劣已经刻不容缓。偏偏喀尔喀蒙古的两万兵丁，在乌鲁木齐失陷后改援古城，与叛军刚一接战便就溃不成军，败回了科布多城。
喀尔喀蒙古人丁稀少，经不起大的损失，一班蒙古王公闹腾起来，清廷无奈只得下令兵丁返回各旗。
至此，满清是彻底丧失了对新疆局势的控制权。
待到第二年，浩罕阿力木库尔汗派阿古柏率领50名骑兵护送布素鲁克去喀什。而一到喀什，布素鲁克和阿古柏便组织兵变，将司迪尔逐赶出了喀什。三月，思的克率七千余余柯尔克孜兵回袭喀什。却被阿古柏以少量骑兵夜袭杀的大败。接收了思的克势力的阿古柏迅速组建了数千名士兵的军队，四月份攻克了英吉沙，将思的克残部逐出新疆，自己在南疆彻底站稳了脚跟。
在阿古柏
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