着自己年事的增高，懿文太子又柔仁，朱元璋便决心消除“棘杖上的刺条”，他利用胡惟庸罪状不明确，不断搜索胡惟庸的罪状，趁机斩杀开国功臣，凡是心怀怨望的、行动跋扈的、对皇家统治有危害性的文武官员、大族豪强，都陆续被罗织为“胡党”罪犯，处死抄家。胡惟庸的罪状也随着统治阶级内部矛盾的发展而发展，随时扩大。最初增加的罪状是“通倭”，接着又是“私通蒙古”。日本和蒙古是当时明朝两大敌人，通敌当然是谋反了。
洪武十八年，有人告李存义父子实胡惟庸之余党，诏免死，发放崇明。李善长知道个中缘由，也不去道歉，朱元璋心中暗恨不已。
不久，七十七岁的李善长“耄不检下”，然仍欲增隆其第宅，从信国公汤和那里借卫卒三百人，汤和密以闻。四月，有京民坐罪应徙边者，李善长又数次请托，免其所亲丁斌等。于是朱元璋勃然大怒，先严刑逼供丁斌，查出丁斌原在胡惟庸家办过事，知道李存义等和胡惟庸相互勾结的情况，接着下令把李存义父子逮到京师审问，结果李存义受不住拷打，说出了李善长与胡惟庸相互勾结的罪状，朱元璋听闻大怒，当下命锦衣卫拿下了李善长一家，关入大牢。
不久御史们也纷纷上疏劾李善长。洪武二十一年，将军出塞，至捕鱼儿海，掳获元宗室大臣及宝玺、图书、金银印章无数，元宗室大臣中有胡惟庸暗通沙漠的使者封绩，而李善长却匿不以闻。有的更说私书中有李善长的亲笔信。就在这时，李善长家仆卢仲歉等亦上告他与胡惟庸“通赂遗，交私语”。狱词锻炼完毕，朱元璋谓：“善长元勋国戚，知逆谋不发举，狐疑观望怀两端，大逆不道。”恰好天象显示有灾变，占得应在大臣，遂并其妻女弟侄家口七十余人诛之。
李善长子祺，徙江浦，久之卒。祺子芳、茂，以公主恩，得不坐。
朱元璋手诏条列其罪，传著狱辞，颁《昭示奸党录》。列二十人；李
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