让他自己辞职而不是由朝廷撤职。
毕竟他是帝师，和天启皇帝师徒之间是有感情的，如果天启皇帝和对付马世龙等人一样直接下旨把他撤职，这对于天启皇帝的名声不好，而且也让孙承宗这个老师为难。
孙承宗长叹一声，明白了天启皇帝的想法，当即就上折自请辞官。折子到了京师后，天启皇帝直接就驳回，给孙承宗写了一封信，信里的意思是自己知道柳河之役不管孙老师的事，孙老师是受了人牵连，朝廷中许多人弹劾孙老师有这样那样的问题，可他是绝对不信的，孙老师这些年在辽东劳苦功高，自己都是看在眼里的，让孙老师尽管放心就是，他作为皇帝，哪怕得罪了满朝文武都会保住孙老师的。
孙承宗接到天启皇帝的信后哭笑不得，他丝毫没有多想立即又写了一封辞职报告送往京师，天启皇帝依旧不许。
天启皇帝不同意那么孙承宗就再上书，态度极为坚决，两次三番，天启皇帝“无奈”只能答应了孙承宗辞官请求，下旨同意孙承宗辞去蓟辽督师的职务，但同时也给了孙承宗极大的殊荣，孙承宗特进光禄大夫，儿子世袭中书舍人，又赏赐蟒服、银币等，并派人保护孙承宗回家。
孙承宗去职后，去年就被天启皇帝起复回京的高第已经是兵部尚书了，随后天启皇帝下旨让他接替孙承宗为辽东经略。
没错，高第的职务不是蓟辽督师而是辽东经略，就是之前熊廷弼所担任的职务，天启虽然重用高第，并以他填补孙承宗离开后的空缺，但也在给予他的权限中做了限制，没有让高第接替蓟辽督师的职务，而是重新启用了之前辽东经略的职务进行替代。
高第赴任辽东经略，王永光接替他的兵部尚书之职，自此孙承宗主持辽东战事以此结局落幕。
得知孙承宗去职后，袁崇焕在辽东为孙承宗大呼不平，还摆出了一副要和孙承宗同进共退一起辞官回乡的架势。不过孙承宗很快
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