于五军都督府的部分职权拿回来，而不是用来强行打压兵部，换句话来说总参议府施行的是总参谋部的职权，作为皇帝用来加强控制和指挥军队的职能部门，并且一定程度提升武将在朝廷的地位。
而军队真正的权力是通过总参议府、内阁、兵部这些部门直接掌控在皇帝的手里，所以在完成总参议府的设置后，朱慎锥必须要做到军人在内阁中拥有一定的话语权，而不是游离于内阁之外。在这种情况下，内阁的机构必须要进行调整。
未来大明内阁会维持在五人内阁的程度，这五人内阁中一个是首辅，一个是次辅，而另外三人作为阁老从而组成。
五人内阁中必须有一个军方成员参与，作为军方的代表存在。而这个军方的内阁成员可以当阁老也能当次辅，但却不能当首辅，首辅必须由文官担任。这样就形成了新的内阁体系，这个体系对于调整之前大明军方在朝堂的地位和话语权是极其有必要的。
再者，王晋武无论从忠诚还是能力各方面来看都能胜任，而且他作为军中第一人，长期把持新军也不是件好事。接下来朱慎锥会通过军制改革对新军重新整编，在其基础上彻底取代原来的明军构成，从而加强大明的军力。
这种情况下，王晋武不再适合统领新军了，未来的新军会分成各部，整编成“师”，一师新军由骠骑将军或定国将军担任，在师之上组成一军（总镇），同时调整现有九边各镇，按照新的军制重新划为六镇，这六镇分别是辽东镇、蓟州镇、宣府镇、大同镇、陕西镇、甘肃镇。
这六镇是以目前大明九边重整而成，原本的三关镇和大同镇合并。榆林镇和陕西镇合并，宁夏镇和甘肃镇合并。形成新的九边格局，并由九边九镇转为六边六镇。
除去边军外，京畿的新军另遍一镇三师，替代之前的京营驻扎京师附近。此外朱慎锥还准备陆续在山东、南直隶、闽浙、两广、湖广、河南、四川
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