各卷著作年代无从定论，其中14卷为战国时作品，4卷为西汉初年作品，有宋代、明代、清代的刻本。多数学者认为，郭璞《山海经传》应当是传自汉代刘向、刘歆（即刘秀）合编校后的版本，根据在于，郭本《山海经传》卷首有刘秀《上山海经表》一篇，刘秀明言献上《山海经》18卷，但其所献古籍早无存世，内容无考。
东晋时小学家郭璞对《山海经》进行了整理，并作了精细的注释工作，对于了解《山海经》原文有极大帮助。现存《山海经》均来源于郭璞注本，如果没有郭璞的注解，《山海经》这部珍贵古籍也许会被湮没在历史长河中。并且，郭璞版的《山海经注》是带注、赞、图的，但郭本原图早已佚失，较重要版本、近人袁珂的《山海经校注》，所附插图150幅，绝大多数都是采用吴任臣的《山海经广注》一书的附图，其它有附图的《山海经》版本大多也是选用明清学者《山海经》版本的附图（明、清以前更早的《山海经》版本所附的古图亦均已失传，现所知道的山海经附图，均为单幅插图，没有涉及地理方位）。
之后，据袁珂《山海经校注》一书，比较重要的《山海经》版本及其研究专著，计有明代学者撰写的《山海经补注》（杨慎）、《山海经释义》（附图，王崇庆），以及清代学者撰写的《山海经广注》（吴任臣）、《山海经存》（附图，汪绂）、《山海经新校正》（毕沅）、《山海经笺疏》（郝懿行）、《山海经地理今释》（吴承志）。
20世纪前80年，由于朝代更迭、战乱、日本法西斯侵略中国，以及政治运动等多方面的原因，中国大陆地区没有《山海经》研究专著出版。根据张步天的《山海经概论》一书的统计，中国20世纪80年代以来，出版的《山海经》研究专著有，袁珂的《山海经校注》、《山海经校译》、《山海经全译》，徐显之的《山海经探原》、《山海经浅注》，喻权中的《中国上古文化的新大陆
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