原有的生产部和销售部撤销，成立军工部，重工部和商贸部，分别由孙元化、宋应星和汪文言负责，孙元化、宋应星二人晋侍中勋阶。
内府麾下各家商号依照条令成立企业公司，由专业人士负责统管，各家的名称也有了些变化，这番变更，主要成立了多家公司，钢铁煤炭公司，天宫商号，大明盐业公司，以及宝马车辆制造，原来的木材加工中心也划到了宝马制造下面。
除此外，还有一些公司，如制造各种水力机械和缝纫机的机械制造公司，铁器制造公司，以工部筑路队为基础的大明建筑公司。
事关军事方面的，制造盔甲、打造刀剑长矛的作坊成立冷兵器制造公司，造火枪的成立轻武器公司，造火炮的成立重武器公司，造船的也成了船舶制造公司。此外，火药也担负分离出来，成立火药制造企业。
而后，内府旗下所有的生产企业全部按照军工、重工、轻工划分，归为三部管理，财权，人事权，采购销售之类的权利全部下放到部门、公司，自己做主。
冷兵器，轻武器，重武器，船舶制造，火药制造，缝纫厂，划分出来，归属军工部。钢厂，马车制造，机械制造，铁器铸造，建筑公司都划给了重工部，而天宫商号，盐业，酿酒，玻璃制造，香水则划到了商贸部。
至于原来的人事监理和财务审核则合并为一个部门，成立内府监察部，负责对内府旗下各个公司的全面监管，这个由原皇庄主管太监周泉负责。
如此一来，内府也形成了和大都督府差不多的格局，以内府令为首，下面五个工作群，军工，重工，商贸，大明皇家银行以及监察部的五总部形制。
如此一来，赚钱的，控制军队后勤的，以及耗资巨大，必须掌握在国家手中的命脉行业都清晰的划分开来，成为皇帝手中钳制军队和经济的重要手段。
而掌管整个内府规制的内府令，则是和徐光启西学齐名的李之藻，勋阶司空，正一品散轶
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