院在省府州都设立了专门的机构，全部安排有专门的人员，他们负责对地方官吏进行监督，由都察院直辖，地方官府不能够干涉，同时都察院直接对皇上负责，内阁不得干预其政务。
省一级的机构保留巡抚衙门，裁撤各省承宣布政使司和都指挥使司，巡抚衙门掌管全省民政事宜，保留提刑按察使司，行使司法事宜，其不归巡抚衙门节制，由大理寺直接节制，统一直接对皇上负责。
分片设立军区，大明设立七个军区，第一军区设立在北直隶，掌管北直隶、山东以及辽东所有军事事宜，第二军区设立在陕西，掌管陕西、山西以及草原军事事宜，第三军区设立在应天省，掌管应天、河南和浙江的所有军事事宜，第四军区设立在福建，掌管福建、江西和广东的所有军事事宜，第五军区设立在四川，负责四川和湖广所有军事事宜，第六军区设在云南，负责云南、贵州和广西所有的军事事宜，第七军区设立在乌斯藏都司。
七大军区驻军人数事宜暂时不确定，等到局势彻底稳定下来之后再行确定。
京城设立都督府，郑家军总兵出任大都督，每个军区的总兵出任都督，七大军区全部由都督府和兵部双重领导，地方上不得干预。
都督府和七大军区由皇上直接管辖，都督人选调整，以及七大军区总兵的调整，唯有皇上能够做出决定，其余任何人不得擅自决定。
裁撤蓟辽总督、五省总督以及三遍总督等，其原来职能全部由七大军区承担。
府州县的变动不大，按照原来的规矩执行。
备受关注的内阁，在第二份圣旨之中产生了。
户部尚书徐望华、礼部尚书杨廷枢、刑部尚书周延儒、兵部尚书熊文灿、工部尚书甘学阔、左都御史文震亨、郑家军总兵郑锦宏等七人组成内阁。
徐望华出任内阁首辅，周延儒出任内阁次辅。
文坤出任吏部
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